A estimulação magnética transcraniana é uma modalidade de neuroestimulação superficial e focal, sendo o córtex frontal o principal alvo quando usada para o tratamento da depressão. A grande vantagem em relação a outras técnicas de estimulação cerebral é o fato de ser uma terapia focal, não invasiva e praticamente indolor (embora alguns pacientes possam sentir um pouco de desconforto). Além disso, apresenta baixo índice de reações adversas.
Durante a aplicação, o paciente permanece acordado e pode voltar para casa ao término da sessão. Uma leve dor de cabeça na área tratada costuma ser a principal reação adversa relatada.